تتولي إدارة التعاون الأوروبي - باعتبارها أحد الإدارات التابعة للإدارة العامـة للعلاقات الدوليـة بالعلاقات الزراعية الخارجية - القيام بالمهام المنوطة بها من تعزيز و تنسيق التعاون الزراعي مع دول القارة الأوروبية ، و بالتنسيق مع السفارات الأوروبية بمصر و السفارات المصرية بأوروبا خاصة في مجال التنمية الزراعية المستدامة.

و يتم ذلك من خلال إبرام الاتفاقيات و مذكرات التفاهم الدولية و الثنائية الجانب – تمثيل وزارة الزراعة المصرية في إعداد و حضور اجتماعات اللجان المشتركة للتعاون الزراعي الفني و الاقتصادي و العلمي علي اختلافها والتي تنعقد بمعرفة وزارة التعاون الدولي و وزارة الخارجية ، مع متابعة اتخاذ الإجراءات التنفيذية الخاصة بمحضر الاجتماعات الختاميـة لتلك اللجان و التي تم الاتفاق عليها – إعداد و تنفيذ برامج التعـاون و التبادل الفني الزراعـي – الإشـراف علي تنفيذ مشاريـع القروض و المنح و مشروعـات التعاون الفني و بالتنسيق مع الجهات الفنية المختصة بالوزارة و مركز البحوث الزراعية – تولي شئون مقابلة و مرافقة وفود الزوار القادمين من أوروبا.

بالإضافة إلي تلك المهام تختص إدارة التعاون الأوروبي بالمهام التالية:

•      الإعداد و حضور اللجان التنسيقية الخاصة بجميع المشروعـات الأوروبية المنفذة في مجال الزراعة ، وتدوين محاضر اجتماعات تلك اللجان لعرضها علي الجهات المعنية بالوزارة.
•     الإعداد و المشاركة في الاجتماعات الخاصة باتفاقية الصحة و الصحة النباتية و اتفاقية الشراكة المصرية الأوروبية واتفاقية التوأمة المؤسسية مع دول الاتحاد الأوروبي و اتفاقية التجارة العالمية ، مع العمل علي إزالة الحواجز التي تعوق نفاذية الصادارت المصرية لدول أوروبا.
•     القيام بكافة أعمال نقطة الاتصال المصرية لاستفسارات واخطارات الصحة والصحة النباتية التابعة للإدارة ، في إطار اتفاق الصحة والصحة النباتية كأحد أهم اتفاقيات منظمة التجارة العالمية.
•    متابعة تنفيذ اتفاقات التجارة الحرة مع الهيئات و المؤسسات الأوروبية مثل اتفاق الإفتا.