تتولي إدارة التعاون الأفريقي - باعتبارها أحد الإدارات التابعة للإدارة العامـة للعلاقات الدوليـة بالعلاقات الزراعية الخارجية - القيام بالمهام المنوطة بها من تعزيز و تنسيق التعاون الزراعي مع دول القارة الأفريقية و خاصة مع مجموعة دول دول شرق و جنوب أفريقيا "دول الكويسا" (COMESA)  ، و بالتنسيق مع سفارات الدول الأفريقية بمصر و السفارات المصرية بالقارة الأفريقية خاصة في مجال التنمية الزراعية المستدامة.

 و يتم ذلك من خلال إبرام الاتفاقيات و مذكرات التفاهم الدولية و الثنائية الجانب – تمثيل وزارة الزراعة المصرية في إعداد و حضور اجتماعات اللجان المشتركة للتعاون الزراعي الفني و الاقتصادي و العلمي علي اختلافها و التي تنعقد بمعرفة وزارة التعاون الدولي و وزارة الخارجية ، مع متابعة اتخاذ الإجراءات التنفيذية الخاصة بمحضر الاجتماعات الختاميـة لتلك اللجان و التي تم الاتفاق عليها– إعداد و تنفيذ برامج التعـاون و التبادل الفني الزراعي – الإشراف علي تنفيـذ مشروعات التعاون الفني و بالتنسيق مع الجهات الفنية المختصة بالوزارة و مركز البحوث الزراعية – تولي شئون مقابلة و مرافقة وفود الزوار الأفارقة.

 بالإضافة إلي تلك المهام تختص إدارة التعاون الأفريقي بالمهام التالية:

•   مناقشة و بحث عقد الاتفاقيات الخاصة بإنشاء مزارع مشتركة مصرية مع الدول الأفريقية و تحديد التزامات الجانبين في هذا الشأن.
•   المشاركة في البعثات الزراعية الموفدة للدول الأفريقية ، بغرض دراسة الوضع الواقعي لوضع إطار لإمكانية التعاون الفني الثنائي في المجالات ذات الاهتمام المشترك و خاصة فيما يتعلق بإنشاء المزارع المصرية المشتركة في عدد من الدول الأفريقية.